Los indígenas al igual que los afroecuatorianos fueron sometidos en extremas condiciones de maltrato, despojo, explotación social y a practicar todo tipo de costumbres e ideologías, provocando a la vez la desaparición de su propia cultura ancestral. Parte de estos mecanismos permanecieron hasta la primera mitad del siglo XIX; a lo largo de la colonia la hacienda fue consolidándose como parte de las formas de explotación de la fuerza de trabajo de las familias indígenas y de clase social. Las unidades productivas se definen como extensos territorios de tierra que eran trabajados por los indígenas a cambio de un pequeño pedazo de tierra denominado huasipungo, las cuales eran de poca fertilidad. Como consecuencia de la colonización, la mayoría de etnias ecuatorianas fueron extinguiéndose o perdieron su riqueza cultural y es de esta manera por la que actualmente se creado grandes organizaciones indígenas dedicadas a la reafirmación de la identidad étnica.

A pesar de que muchos proyectos fracasaron, las poblaciones indígenas han logrado desarrollar habilidades para adaptarse a las condiciones socio-económicas y políticas cambiantes en el país, por medio de a reproducción social y económica como la migración estacional, la auto explotación de su fuerza de trabajo y la diversificación ocupacional de las mismas. Desde el punto de vista político, grandes figuras indígenas han logrado ser parte de los procesos políticos y la toma de decisiones dentro del estado o asamblea general del Ecuador, permitiendo así una mejor aceptación del pueblo ecuatoriano hacia las comunidades indígenas.